根据国家海洋局《关于同意成立国家海洋局南通海洋环境监测中心站的批复》文件（国海人字〔2010〕596号），南通海洋环境监测中心站是国家海洋局东海分局在南通设立的派出机构，属正处级事业单位。站内设办公室、组织人事科、业务科、监测室、预报室、信息室六个科室，下辖连云港、滨海、新洋港、洋口港、吕泗5个海洋站,与地方共建大丰港、连兴港两个海洋站。现有职工63名。

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